한국도로공사는 "정부업무를 대행하는 단체"로서 한국도로공사의 고속도로 통행료는 부가가치세가 면제되는 사업에 해당하기 때문에 한국도로공사의 고속도로 통행료는 부가가치세 신고시 공제대상이 아닌 것입니다.
한국도로공사 이외의 사업자(민자고속도로 등)가 징수하는 통행료의 경우는 부가가치세를 과세하는 것으로 경차ㆍ9인승 이상의 매입세액이 공제되는 차량(8인승 이하의 비영업용승용차는 제외)을 이용하여 유료도로 사업자에게 통행료를 지급하면서 발급받은 세금계산서나 하이패스카드로 결제하고 신용카드매출전표를 수취한 경우라면 매입세액 공제를 받을 수 있는 것입니다.
다만, 하이패스카드 사용내역만으로는 업무용차량을 운행하는 직원들이 이용하는 유료도로 사업자가 부가가치세가 면제되는 한국도로공사인지 부가가치세가 과세되는 민자도로사업자인지 특정되지 않기 때문에 그 매입세액공제를 적용하기에는 현실적으로는 어려움이 있을 것입니다.
또한, 민자사업자 등 도로 및 관련 시설운영업은 "영수증 발급대상 사업"으로 공급받는 자가 사업자등록증을 제시하고 세금계산서의 교부를 요구하지 않는 한 영수증만을 발급하는 것입니다.
따라서 한국도로공사의 고속도로와 민자고속도로에 동시 사용되는 하이패스카드의 경우 번거롭더라도 사용처를 구분하여 민자고속도로 이용분만 매입세액공제 받아야 하는 것이므로 민자도로의 경우는 사업자등록증을 제시하고 '월합계세금계산서'의 발급를 요구하여야 할 것입니다.
'후불하이패스카드'를 이용하여 영수증을 발급받은 경우에는 신용카드매출전표 발급에 해당되어 세금계산서를 발급받을 수 없습니다. 다만 후불하이패스카드로 '하이패스차로'를 이용한 경우에는 영수증을 발급받을 수 없기 때문에 세금계산서를 발급받을 수 있습니다.
참고: https://number.tistory.com/87
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